Si bien es cierto que existe una placa que dice que fue la casa del conquistador de México, en realidad él jamás vivió ahí, pues es un edificio cuya construcción data de mediados del siglo XVIII.

La historia indica que al consumarse la conquista española en 1521, el español y su hueste se establecieron en Coyoacán mientras se limpiaba de cadáveres y escombros Tenochtitlan, y se alojó en la casa del cacique local Juan de Guzmán Ixtolinque (un noble indígena que se unió a la causa española). La casa de Ixtolique se encontraba cerca de la iglesia de La Conchita.

Leyendas cuentan que el Antiguo Palacio del Ayuntamiento fue el edificio donde se torturó a Cuauhtémoc para que confesara dónde se escondía el tesoro mexica. Sin embargo, en realidad el edificio actual fue erigido por los descendientes de Cortés para administrar el marquesado del Valle de Oaxaca, reemplazando una primera construcción en la que sí pudo haber sucedido dicho martirio. El edificio fue construido entre 1755 y 1756. Cortés había fallecido en 1547.

Este inmueble fue sede del gobierno municipal y delegacional de 1850 a 2003. Fue declarado Monumento Histórico por la Dirección de Monumentos Coloniales del Instituto Nacional de Antropología e Historia, el INAH.